قيس در مقام استانداري آذربايجان
اما اين که قيس قبل از جنگ صفين به حکومت آذربايجان گمارده شد يا بعد از جنگ نهروان؟ بين مورخان در اين باره اختلاف است. طبق نقل يعقوبي، حضرت نامه اي به او که در آذربايجان بود، نوشت و او را به عدالت در گرفتن ماليات و نيکي نسبت به نيروهاي نظامي دعوت نمود و از او خواست که مسايل اسلامي را به مردم بياموزد و خود او را از پيروي هواي نفس برحذر داشت و دستور دارد که از مردم فاصله نگيرد و مستقيماً با آنها در ارتباط باشد و براي اجراي حق تلاش کند.[1] .
بي ترديد قيس بن سعد از کارگزاران و استانداران اميرالمؤمنين عليه السلام در آذربايجان بوده است و حضرت موقعي که اشعث بن قيس (کارگزار عثمان در آذربايجان) را عزل کرد قيس را به جاي او منصوب نمود.