دعاي آن حضرت در مناجات در مسجد جعفي
خدايا! چگونه تو را بخوانم در حاليکه نافرماني تو را نمودهام، و چگونه تو را نخوانم در حاليکه تو را شناختهام و دوستيت در قلبم استقرار يافته، دستي را بسويت دراز کردهام که انباشته از گناهان است، و چشمي را بسويت متوجه ساختهام که بسيار اميدوار است. خدايا! تو صاحب بخششها و من اسير خطاها هستم، و از کرامت بزرگان مدارا نمودن با اسيران است، و من اسير گناه و گروگان عملم هستم، خدايا چه تنگ است راه بر کسي که تو راهنماي او نيستي، و چه مسير وحشتانگيز است بر کسي که تو مونس او نميباشي. خدايا! اگر مرا به گناهانم مؤاخذه کني من تو را به عفوت ميگيرم، و اگر مرا در مقابل گناهان پنهانيم مؤاخذه کني کرم تو را به پيشگاهت ميآورم، و اگر به شرّم مرا مؤاخذه نمائي خير تو را به درگاهت ميآورم، و اگر در آتش مرا همراه دشمنانت قرار دهي به آنان ميگويم که دوستدار تو بوده و به وحدانيّت و يگانگيات گواهي ميدادم. خدايا! اين خشنوديم از توست که از ترسم سرچشمه ميگيرد، چگونه است خشنوديم که از ايمني بخشيات منشأ بگيرد، خدايا اطاعت تو را مسرور ساخته و نافرماني به تو ضرر نميرساند، پس آنچه تو را خشنود ميسازد را به من ببخش و آنچه بتو ضرر نميرساند را بر من بيامرز، و توبهام را بپذير، تو توبه پذير و مهرباني، خداوندا بر محمد و خاندانش درود فرست و مرا مشمول رحمتت قرار ده آنگاه که اثرم از دنيا قطع و نامم در ميان مخلوقات محو گردد، و همانند افرادي که فراموش گرديدهاند در ميان فراموش شدگان قرار گيرم. خدايا! سنم زياد، و استخوانم باريک، و روزگار مرا پير ساخته، و لحظه مرگم نزديک، و ايام عمرم رو به کاهش نهاده، و خوشيهايم پايان يافته، و خواستههايم زائل، و پيامدهاي آنها باقي مانده، و جسمم فرسوده، و بندهاي بدنم منقطع، و اعضاي بدنم متفرق گردد، و در گرو اعمالم باقيمانده ام. خدايا! گناهان مرا در خود فرو برده و سخنم را قطع نموده، دليل و بهانه و عذري ندارم، خدايا من اقرار کننده به گناهم، اعتراف کننده به خطايم، اسير جرمم، در گرو عملم، جسور در درياي نافرماني، سرگردان از راهيابي، بازمانده در راهم، پس بر محمد و خاندانش درود فرست و بر من تفضل کن و از من درگذر. خدايا! اگر عملم در مقابل فرمانبريت اندک گرديد آرزويم در برابر اميد بتو بزرگ شد، خدايا چگونه از پيشگاهت نااميد بازگردم در حالي که گمانم به بخششت آنستکه مرا نجات داده و مشمول رحمتت قرار دهي، خدايا بر گمان نيکويم نااميدي نااميدان را مسلّط مفرما، و آرزوي نيکم در بين آرزومندان را باطل مساز. خدايا! گناهم بزرگ گرديد چرا که در مقابل تو انجام گرفته، و خطايم عظيم شد چرا که تو از آن بازخواست ميکني، جز آنکه هنگاميکه به ياد گناه بزرگم و بخشش بسيارت ميافتم حاصل اين دو را بخشش و خشنوديت مييابم، خدايا اگر بسبب گناهانم عقاب ترسناکت مرا به آتش بخواند، اميد به ثواب نيکويت مرا به بهشت فرا ميخواند. خدايا! اگر خطاها مرا از لطف زيبايت ترسانيد مهرباني بسيارت مرا بخود مأنوس ميسازد، خدايا اگر غفلت مرا از آمادگي براي ملاقاتت غافل نمود، اي آقايم آگاهي و شناختم از تو مرا به نعمتهاي گسترده ات متوجه ساخت، خدايا! اگر انديشهام از شناخت آنچه به صلاحم بوده است بازمانده، يقينم به اينکه تو بر آنچه به صلاحم بوده است توجه داري از بين نرفته است. خدايا! اگر روزگارم را در راه غير آنچه دوست داري سپري ساختم، روزگاران گذشته را با ايمان به پايان بردم، خدايا! زاري کنان به درگاهت آمدهام، در حالي که فقر و بيچيزي را بر خود پوشانيده و حاجات بسيارم مرا در جايگاه خوار شدگان قرار داده است، خدايا! گرامي داشتي پس مرا گرامي دار چرا که از خواستاران توأم، و با نيکي بخشيدي پس مرا در زمره بهرهمندان درگاهت قرار ده. خدايا! در درگاهي از درهاي بخششت فقيرانه ايستاده و از عرض خواستم به غير تو روي گردانم، و از منّت زيبايت انتظار نميرود که خواستار بيچاره و مضطري که در انتظار خيرت ميباشد را رد کني، خدايا! روي پلي از پلهاي خطر آفرين ايستادهام، در حالي که به کارها و پندها مورد آزمايش قرار گرفتهام، اگر مرا به برداشتن سنگيني گناهان ياري نکني هلاک ميگردم. خدايا! آيا مرا از شقاوتمندان خلق کردهاي تا گريهام را طولاني کنم، يا در زمره سعادتمندان آفريدهاي تا به خود بشارت دهم، خدايا! اگر مرا از ديدار محمد - که درود تو بر او و بر خاندانش باد - در بهشت محروم داشته، و اميدم را در آن سرا به نااميدي مبدل فرمائي، اي داراي فضل و نعمت اين چيزي نيست که از تو انتظار دارم. اي معبودم اگر مرا به اسلام هدايت نميکردي هدايت نشده، و اگر ايمان بخودت را روزيم نميساختي ايمان نميآوردم، و اگر زبانم را به خواندنت نميگشودي تو را نميخواندم، و اگر شيريني شناختت را به من نميچشاندي تو را نميشناختم، خدايا اگر تخلف از پيشي گرفتن با نيکان مرا زمينگير ساخت، وثوق به تو مرا در درجات نيکان قرار داد. خدايا! قلبي که آنرا در اين دنيا از محبّتت پر نمودي چگونه در جهنم آتش سوزانت را بر آن قرار ميدهي، خدايا هر رنجديده اي به تو پناه برده، و هر محروم شده اي اميدش به توست. خدايا! عبادت کنندگان ثواب بسيارت را شنيدند و خاشع گرديدند، لغزندگان از راهت بخششت را شنيدند بازگشتند، و گناهکاران وسعت رحمتت را شنيدند بهره مند شدند، و گناهکاران کرم عفوت را شنيدند طمع کردند، تا اينکه اي مولايم در درگاهت گروههاي گناهکاران ازدحام کرده و در شهرها بسوي تو ناله سردادند، و براي هر يک آرزويي است که صاحب آن محتاجانه آنرا خواستار است، و تو سؤال شدهاي هستي که خواست خواستاران در درگاهت نااميد بازنگشته، و بارهاي هلاکتبار در پيشگاهت فرود نيايد، بر محمد پيامبرت و خاندانش درود فرست و آنچه شايسته آن هستي را در حقم متحقق ساز، بدرستيکه تو شنونده دعاها هستي. آنگاه امام دعايش را به آرامي ادامه داد و سجده کرد و سر به زمين نهاد و فرمود: خدايا خواستار عفو و بخششت هستم - صد بار.
از ميثم - که خداوند از او خشنود باد - روايت شده که گفت: اميرالمؤمنين - که بر او درود باد - شبي مرا به صحرا برد، تا اينکه از شهر کوفه خارج شد و به مسجد جعفي رسيد، رو به قبله نمود و چهار رکعت نماز گزارد، بعد از نماز تسبيح گفته، سپس دستهايش را گشود و فرمود: